Ο ιερομόναχος Μεθόδιος γεννήθηκε το 1841 στο Αϊδίνιο της Μικράς Ασίας, τις αρχαίες Τράλλεις ή, κατά την βυζαντινή της ονομασία, Ηλιούπολη. Μετά τις εγκύκλιες σπουδές του και την εκμάθηση πολλών ξένων γλωσσών, σε ηλικία 19 ετών (Νοέμβριος 1860) πήγε στα Ιεροσόλυμα για να προσκυνήσει τους Αγίους Τόπους.
Καθότι από παιδί ήθελε να μονάσει, συνέχισε το προσκύνημά του στο Άγιον Όρος και προσήλθε ως δόκιμος στη Σιμωνόπετρα, όπου τότε ηγούμενος ήταν ο αρχιμ. Νεόφυτος Μολάκας (1861-1906). Εκεί εκάρη μεγαλόσχημος μοναχός (10 Ιουνίου 1862).
Μετά από τρία χρόνια αναχώρησε από τη Σιμωνόπετρα και εγκαταστάθηκε στη γειτονική μονή Ξηροποτάμου (Οκτώβριος 1864), όπου έμεινε επί μία δεκαετία. Το 1874 επανήλθε στη Σιμωνόπετρα.
